Tahun 2031: Wilayah Tokyo. Sebagian besar umat manusia telah dimusnahkan oleh parasit Gastrea. Sebagai bagian dari gerakan Anti-Gastrea, siswa sekolah menengah Satomi Rentaro bekerja sebagai pegawai sipil di Tendo Civil Securities. Dalam sebuah misi, dia bertemu dengan pria mencurigakan bertopeng dan tuksedo: Hiruko Kagetane.
