BoBoiBoy Pioneers kembali ke pulau untuk tinggal bersama kakeknya, Tok Aba dan teman-temannya setelah berpisah selama enam bulan (akhir musim pertama). Selain itu, BoBoiBoy juga dipindahkan ke sekolah lain, di mana ia bertemu kembali dan menjadi teman sekelas dengan teman-teman lamanya, bahkan memiliki Papa Zola sebagai guru Matematika mereka.
