DigiDestined melakukan perjalanan ke sebuah kota dari zaman Edo Jepang. Saat melarikan diri dari Floramon dan Mushroomon yang dikendalikan, mereka bertemu dengan penguasa mereka, ShogunGekomon. Tak lama kemudian, Ninjamon memasang spiral pada ShogunGekomon dan DigiDestined harus menghentikannya.
