Tes rutin yang melibatkan pilot EVA berubah menjadi perjuangan untuk bertahan hidup ketika jenis Malaikat yang sama sekali baru muncul dan menyebar di dalam markas NERV. Malaikat baru yang mirip komputer ini mengancam akan memicu kehancuran diri bagi seluruh fasilitas, membuat Dr. Ritsuko Akagi berpacu dengan waktu untuk menyelamatkan GeoFront dan menghancurkan Malaikat tersebut.
