Shinji mengalahkan Asuka dalam tes sinkronisasi, yang membuat Asuka jengkel. Tidak lama kemudian, EVA dikirim untuk menangani penampakan misterius, dan EVA-01 tersedot ke dalam kegelapan seperti bayangan yang muncul dari ketiadaan dari bawahnya. Sementara operasi darurat untuk menyelamatkan EVA yang tertangkap sedang disusun, Shinji melakukan perjalanan ke kedalaman kesadarannya sendiri…
