Evangelion Unit-03 tiba dari Amerika Serikat. Namun, eksperimen aktivasinya memunculkan mimpi terburuk NERV ketika ternyata telah terinfeksi oleh Malaikat Ketiga Belas. EVA lainnya dikirim untuk memerangi kekejian yang terinfeksi Malaikat… bahkan dengan risiko membunuh pilotnya yang tak berdaya.
