Marah atas kematian Touji di tangan EVA-nya sendiri, Shinji menolak untuk mengemudikan Evangelion lagi dan bersiap untuk meninggalkan Tokyo-3 untuk selamanya. Dia dipaksa untuk mempertimbangkan kembali keputusannya ketika Malaikat baru yang sangat merusak menyerang tepat saat dia akan pergi…
