2003. Ketika wabah jamur parasit mulai melanda negara dan dunia, Joel Miller berusaha melarikan diri dari kekacauan yang semakin meningkat dengan putri dan saudara laki-lakinya. Dua puluh tahun kemudian, Joel yang kini sudah mengeraskan hati dan rekannya Tess berjuang untuk bertahan hidup di bawah rezim totaliter, sementara pemberontak Fireflies menampung seorang gadis remaja dengan bakat unik.
